細胞分化受到很大內外因素的影響，如細胞自身的極性、體內激素和某些特定化學成分，以及相對應的空間位置和環境中的光照、溫度、壓力、水分等都可能在一定程度上影響生物體內的細胞分化。
例如，無尾兩棲類的蝌蚪變態過程中起重要作用的甲狀腺素和昆蟲變態過程中的2一羥蛻皮素及保幼素等激素，都由它們的內分泌腺釋放，從而誘導體細胞的分化。
在環境因素中，對性別決定的影響最早被人們發現，并作為細胞分化和個體發育的重要研究課題。例如，一種蜥蜴在低溫（約20℃）時全部發育為雌性，溫度提高至32℃時則全部發育為雄性。
此外，一種蝸牛的性別決定取決于個體之間的相百位置，互相疊壓的群體，位于下方的個體發育成雌性，位于上方的成為雄性。雖然人們對其機制還不清楚，似上述現象表f州環境淵素對細胞分化產生影響，進而影響個體的發育。因此，可以推測細胞分化的形成與這些環境因素作用之間的協調平衡具有一定的相關性。