微生物的生長是冷卻水系統中需要解決的三大問題之一。
微生物一般都是自我增殖的、多功能的和小體積大面積的單細胞系統，微生物體積小、面積大，吸收多、轉化快，生長旺、繁殖快，易變異、適應強，種類多、分布廣。微生物無孔不入，但并不是冷卻水中所有的微生物都會引起故障，常引起故障的微生物是細菌、真菌和藻類。尤其是可以產
1．粘泥附著在換熱部位的金屬表面，降低冷卻水的冷卻效果；
2．大量的粘泥將堵塞換熱器中冷卻水的管道，從而使冷卻水無法工作，少量的粘泥則減少冷卻水通道的截面積，從而降低冷卻水的流量和冷卻效果，增加泵壓；
3．粘泥集積在冷卻塔填料表面或填料間，堵塞了冷卻水的通過，降低冷卻塔的冷卻效果；
4．粘泥覆蓋在換熱器內的金屬表面，阻止緩蝕劑與阻垢劑達到金屬表面發揮其緩蝕與阻垢作用，阻止殺菌劑殺滅粘泥中和粘泥下的微生物，降低這些藥劑的功能；
5．粘泥覆蓋在金屬表面，形成差異腐蝕電池，引起這些金屬設備的腐蝕；
6．大量的粘泥，尤其是藻類，存在于冷卻水系統的設備上，影響冷卻水系統的外觀。
冷卻水系統中微生物的控制主要是通過控制冷卻水中微生物的數量來實現的，其中最有效和最常用的方法之一就是添加殺菌劑。