MCN是病理學診斷。MCN常有典型腎病綜合征的臨床表現，即大量尿蛋白（≥3.5g/d），低蛋白血癥（≤30g/L），常有高度水腫和高脂血癥。病理特點有：光鏡下腎小球基本正常，近曲小管上皮細胞可見脂肪變性；免疫病理檢查陰性；電鏡下有廣泛的腎小球臟層上皮細胞足突消失，腎小球內無電子致密物沉積為主要診斷依據。
MCN病人、特別是成人MCN病人務必仔細尋找和排除如藥物性、腫瘤性、感染性和過敏性等原因造成的繼發性微小病變型腎病，才能診斷為原發性MCN。
MCN的明確診斷有賴于腎活檢標本的病理診斷。依據病人臨床表現及實驗室檢查（包括腎病理）結果，MCN診斷并不困難。兒童腎病綜合征病人可不首先進行腎活檢，即按MCN進行糖皮質激素正規治療，但對于糖皮質激素抵抗、依賴等則應進行腎活檢。在成人腎病綜合征，MCN并不是主要的病理類型，依據臨床表現無法判斷為MCN，進行腎活檢是必要的。