微波是指波長在1mm～1m 之間、頻率在300～300000MHz 之間的電磁波,它介于紅外線和無線電波之間。微波萃取的機理可由以下兩方面考慮:一方面,微波輻射過程是高頻電磁波穿透萃取介質,到達植物物料的內部維管束和腺細胞內,由于物料內的水分大部分是在維管束和腺細胞內,水分吸收微波能后使細胞內部溫度迅速上升,而溶劑對微波是透明(或半透明)的,受微波的影響小,溫度較低。連續的高溫使其內部壓力超過細胞壁的膨脹能力,從而導致細胞破裂,細胞內的物質自由流出,萃取介質就能在較低的溫度條件下捕獲并溶解,通過進一步過濾和分離,便獲得萃取物料。另一方面,微波所產生的電磁場,加速被萃取部分向萃取溶劑界面擴散的速率,用水作溶劑時,在微波場下,水分子高速轉動成為激發態,這是一種高能量不穩定狀態,或者水分子汽化,加強萃取組分的驅動力;或者水分子本身釋放能量回到基態,所釋放的能量傳遞給其他物質分子,加速其熱運動,縮短萃取組分的分子由物料內部擴散到萃取溶劑界面的時間,從而使萃取速率提高數倍,同時還降低了萃取溫度,最大限度保證萃取的質量。