微流控技術的出現為生命分析面臨的三大特殊挑戰（要求在特別小的空間，特定的時間，特定的外界條件進行物質定性、定量、結構分析、形貌分析等工作）提供了有力的操控工具。
但作為一種新興技術，它也面臨著諸多問題亟待解決：
√ 產品缺乏相應的標準化和規范化：目前還沒法實現組件（配套使用的試劑，核心的微流控芯片，芯片驅動平臺，光電檢測模塊，信號處理模塊以及人機交互的軟件系統等）的通用化；
√ 人才不足：微流控產品結合了微機電加工、生命科學、化學合成、光學工程及電子工程等許多領域，多學科交叉人才、企業研發人員、專業化市場人員嚴重不足；
√ 生產成本高：對于微流控免疫分析芯片來說，其面臨的最大問題是分析芯片都是一次性使用，不能充分發揮微流控分析平臺可多次使用的優點，導致檢測成本升高，在目前加工條件下，一塊供研究用的標準玻璃芯片價值可能在幾十到上百美元之間；
√ 技術平臺的難題：1）非均相微流控免疫分析芯片中如何將抗體固定在微通道的表面但不引起抗體的構相改變而導致活性降低2）如何將微通道表面進行封閉從而阻止限制蛋白和小分子物質的非特異結合引起的靈敏度下降3）如何將微流控芯片與外圍設備如自動分析、顯示設備等的集成化。