芯片毛細管電泳技術將常規的毛細管電泳操作在芯片上進行，利用玻璃、石英或各種聚合物材料加工微米級通道，以高壓直流電場為驅動力，對樣品進行進樣、分離及檢測。它與常規毛細管電泳的分離原理相同，因此在分離生物大分子樣品方面具有優勢。此外，與常規毛細管電泳系統相比，芯片毛細管電泳系統還具備分離時間短、分離效率高、系統體積小且易實現不同操作單元的集成等優點。芯片毛細管電泳的上述優點使其成為蛋白質分離分析中的重要手段之一。Rodriguez等曾分別在常規毛細管、短毛細管和玻璃芯片上，以區帶電泳的分離模式，對人免疫球蛋白G(IgG)和熒光素異硫氰酸酯(FITC)的反應混合物進行分離，以比較3種系統的分離性能。使用有效分離長度為35 am的長毛細管和有效分離長度為6 am的短毛細管時，其分離時間分別為335 S和84 S，理論塔板數分別為27 750和41 816。當使用有效分離長度僅為2．8 cm的玻璃芯片時，分離時間縮短至15 S，理論塔板數達到49 000。由此可以看出采用玻璃芯片進行毛細管區帶電泳在分離速度和柱效上明顯優于常規毛細管電泳系統。