生物最基本的分類單位是種(species)、其上是屬（genns）、科（family）、目（order）、綱（class）和門（phyllum）等。門、綱、目、科、屬名的字首字母要大寫，除屬名外不印成斜體字。屬、種名印刷用斜體字下劃線。如釀酒酵母在分類系統中的歸屬情況為
門：真菌門 Eumycophyta
綱：子囊菌綱 Ascomyeetes
亞綱：原子囊菌亞綱 Protoascomycetes
目：內孢霉目Endomyctales
科：內孢霉科Endomycetaceae
亞科：酵母亞科Sacchromycetoideae
屬：酵母屬Sacchromyces
種：釀酒酵母S.cerevisiae Hansen
微生物的命名，與其他生物一樣，采用國際上通用的雙名法，學名通常由一個屬名加一個種的加詞構成。出現在分類學文獻中的學名，往往還加上首次定名人（外加括號）、現名定人和現名定名年份，但在一般使用時，這幾個部分總是省略的。
例如，由Ehrenberg于1838年定名為Vibrio subtilis（枯草弧菌）的細菌，到1872年，Cohn發現弧狀不是該菌的特征，它的特征是桿狀具芽孢，故將它轉到芽孢桿菌屬，稱為枯草芽孢桿菌（簡稱枯草桿菌），其學名為Bacillus subtilis(Ehrenberg)Cohn1872。再如，可使許多科的植物生腫瘤的土壤桿菌屬細菌稱為根癌土壤菌，學名為Agrobacterium tumefaciens(Smith&Townsend)Conn1972；寄居于溫血動物腸道下部的埃希氏菌屬細菌稱為大腸埃希氏菌（簡稱大腸桿菌），其學名為Excherichia coli(Migula) Castellani&Chalmers1919；葡萄球菌屬呈金黃色葡萄球菌，學名為Staphylococcus aureus Rosenbach1884；呈銅綠色的假單胞菌（即綠膿桿菌）學名為 Pseusomonas aeruginosa(Schroeter)Migula1920。
有時，從自然界分離到的某一微生物純種，與典型的特征不完全符合，而不相符的這一特性又是穩定的，則將這種微生物稱為典型種的變種（variety，簡稱var）。在實驗室里獲得的變異型則稱為亞種(subspecies，簡稱subsp)。
變種或亞種的學名按“三名法”構成。
例如，有一種芽孢桿菌，能產生黑色素，其余特征與典型的枯草桿菌完全符合，該菌學名為Bacillus substilis var.niger（枯草芽孢桿菌黑色變種）。
同種不同來源的微生物純培養，稱為菌株（strain）。菌株的名稱都放在學名（即屬名和種的加詞）的后面，可用字母、符號、編號等自行決定。例如Ｂ.subtilis AS1.398和B.subtilisBF7.658是枯草桿菌的兩個菌株，前者可生產蛋白酶，后者生產α－淀粉酶。