一、調整培養基中的成分（如少加或緩加易起泡的原料）或改變某些物理化學參數（如pH值、溫度、通氣和攪拌）或者改變發酵工藝（如采用分次投料）來控制，以減少泡沫形成的機會。
二、采用菌種選育的方法，篩選不產生流態泡沫的菌種，來消除起泡的內在因素。
三、采用機械消泡或消泡劑來消除已形成的泡沫。
1、機械消泡
物理消泡方法，利用機械強烈振動或壓力變化而使泡沫破裂。
優點：節省原料，減少染菌機會。
缺點：消泡效果不理想，僅可作為消泡的輔助方法。
2、消泡劑消泡
A、消泡劑的作用：
降低泡沫液膜的機械強度；
降低液膜的表面黏度；
B、作為生物工業理想的消泡劑應該在氣－液界面上具有足夠大的鋪展系數，才能迅速發揮消泡作用，這就要求消泡劑應具備下列條件
（1）有一定的親水性；
（2）應該在低濃度時具有消泡活性；
（3）應該具有持久的消泡或抑泡性能，以防止形成新的泡沫；
（4）應該對微生物、人類和動物無毒性；
（5）應該對產物的提取不產生影響；
（6）不會在使用、運輸中引起任何危害；
（7）來源方便，成本低；
（8）應該對氧傳遞不產生影響；
（9）能耐高溫滅菌。
C、常用的消泡劑有4大類（以天然油脂類和聚醚類在生物發酵中最為常用）：
（1）天然油脂類：
豆油、玉米油、棉籽油、菜籽油和豬油等。油不僅用作消泡劑，還可作為碳源和發酵控制的手段。在發酵中，要控制油的質量、新鮮程度，并要進行發酵試驗檢驗。
（2）聚醚類：
聚醚類消泡劑品種很多，它們是氧化丙稀或氧化丙稀和環氧乙烷與甘油聚合而成的聚合物。
聚氧丙稀甘油（GP型）--氧化丙稀和甘油聚合；親水性差，在發泡介質中的溶解度小，所以用于稀薄發酵液中要比用于粘稠發酵液中的效果好；抑泡性能比消泡性能好，適宜用于基礎培養基中，以抑制泡沫的產生。
聚氧乙烯氧丙稀甘油（GPE型，泡敵）--氧化丙稀、環氧乙烷與甘油聚合；親水性好，在發泡介質中易鋪展，消泡能力強，作用快，溶解度大，消泡活性維持時間短，用于粘稠發酵液的效果比用于稀薄的好。
D、應用消泡劑時的增效方法：
加載體增效：即用惰性載體（如礦物油、植物油等）使消泡劑溶解分散，達到增效的目的；
消泡劑并用增效：取各種消泡劑的優點進行互補，達到增效（如GP和GPE1：1混合使用于土霉素發酵，結果比單獨使用GP的效力提高2倍）；
乳化消泡劑增效：用乳化劑（或分散劑）將消泡劑制成乳劑，以提高分散能力，增強消泡效力（如用吐溫-80制成的乳劑，用于慶大霉素發酵，效力提高1～2倍），一般只適用于親水性差的消泡劑。
在生產過程中，消泡的效果除了與消泡劑的種類、性質、分子量大小、消泡劑親油親水基團等密切相關外，還與消泡劑使用時加入方法、使用濃度、溫度等有很大關系，應結合微生物發酵罐生產實際加以注意和解決。