1、心臟：
⑴ 充血性心力衰竭是最常見的并發癥；瓣膜穿孔及腱索斷裂導致急性心力衰竭；
⑵ 心肌膿腫常見于急性可以引起傳導阻滯；
⑶ 急性心肌梗死大多由冠狀動脈栓塞所致以主動脈瓣感染者多見；
⑷ 化膿性心包炎；
⑸ 心肌炎。
2、細菌性動脈瘤：多見于亞急性者受累動脈依次為近端主動脈腦內臟和四肢。
3、轉移性膿腫：急性IE多見亞急性者少見常發生于肝脾骨骼和神經系統。
4、神經系統：
⑴ 腦栓塞占半數大腦中動脈及其分支最易受累及；
⑵ 腦細菌性動脈瘤除非破裂出血多無癥狀；
⑶ 腦出血由于腦栓塞或細菌性動脈瘤破裂引起；
⑷ 中毒性腦病可有腦膜刺激征；
⑸ 腦膿腫；
⑹ 化膿性腦膜炎不常見后三者主要見于急性IE特別是金黃色葡萄球菌性心內膜炎。
5、腎臟：多數患者有腎損害包括：
⑴ 腎栓塞和腎梗死；
⑵ 免疫復合物所致局灶性和彌漫性腎小球腎炎后者可致腎功能衰竭常見于亞急性IE；
⑶ 腎膿腫：不多見。