1．心臟穿孔、心包積血和壓塞
是心內膜心肌活檢術的主要并發癥，但發生率不高，有經驗的術者其發生率低于1%。如患者出現胸痛、呼吸困難、低血壓、心動過緩或過速、頸靜脈怒張等表現，應懷疑心臟穿孔可能，可用超聲心動圖觀察有無心包積液。一旦發生，須嚴密觀察和監測病情，補充血容量，應用升壓藥物；如有心臟壓塞征象，血流動力學不穩定，應立即行心包穿刺抽液；持續出血者偶爾需要開胸手術。
2．血栓栓塞
左心室心內膜活檢或右心室心內膜活檢伴有心內分流時可出現體循環血栓栓塞。注意每次操作前用肝素鹽水仔細沖洗導管和活檢鉗，可減少血栓栓塞的危險；主要處理措施是支持療法；栓塞所致癥狀常呈自限性。
3．心律失常
在心室內操作導管或鉗夾過程中常出現室早或非持續性室速，不須特殊處理；持續性室速很少發生，一旦出現，可靜注利多卡因或電復律；右心室心內膜活檢過程中，在右房內操作導管會誘發房顫，通常呈自限性，如不能自行復律，可選擇電復律；術前已存在左束支傳導阻滯者做右心室心內膜活檢時，可引起完全性心臟傳導阻滯，須置入臨時起搏器治療。