①心臟移植后診斷及觀察排異反應，指導治療。
②診斷心肌炎癥，觀察及指導治療。
③輔助診斷某些原發性心肌病，例如肥厚型、充血型心肌病、克山病等。
④確定某些繼發性心肌病的診斷，例如心臟結節病、淀粉樣變、血色病、糖原貯積病等。
⑤輔助診斷放射治療、阿霉素（抗癌藥）治療所致的心肌病變。
⑥診斷心內膜纖維化。
⑦鑒別限制型心肌病和縮窄性心包炎。由于上述各種心內膜、心肌疾病的臨床表現酷似縮窄性心包炎，心內膜活檢可達鑒別診斷目的。
此外，心肌活檢用于心肌的生物化學、免疫學等特殊研究，也有助于闡明某些心臟病的病因。