FPLC為專門用來進行蛋白質、多肽及多核苷酸分離的系統，FPLC為近年來的一項重要革新，其除了對HPLC的快速、高分辨率等特性加以保持，并且其還具有柱容量大、回收效率高及不易使生物大分子失活等特性。所以近年來，其廣泛應用于分離蛋白質、多肽及寡核苷酸等方面。伴隨著HPLC的發展，有薄殼型填料和雙擴散灌流型填料兩種新型填料出現了，對于分離大分子物質，它們的優越性獨特，從而大大拓展了FPLC的應用領域。其能夠進行蛋白的含量的測定以及蛋白的分子量的確定，能夠分離純化蛋白、有機化合物，所以其在生物學領域和化學領域的研究可以得到使用。
近些年以來，在HPLC基礎上發展出了新型色譜技術，包括低壓液相色譜(LPLC)、中壓液相色譜(MPLC)以及快速蛋白液相色譜(FPLC)，在這些新型色譜技術當中，快速蛋白液相色譜(FPLC)可以非常迅速地分離復雜混合物，能夠在短時間內對大量樣品加以純化。其特性表現為較大的容量、較高的回收效率以及不易失活的生物大分子等。能夠越來越廣泛地使用于生命科學研究及藥物生產上。