一.故障現象：總離子流色譜圖逐漸升高
產生故障的可能原因及排除方法：
a.柱子的固定相流失（特征峰為m/z 207、281），排除方法是老化或更換柱子；
b.空氣泄漏，排除方法是檢查空氣峰m/z 28的高度，若大于10%氦氣峰m/z 4的高度，表明有空氣泄漏，用注射器將丙酮滴在各接口處，通過觀察丙酮的分子離子峰m/z 58的強度變化，進一步查明泄漏的確切位置。
二.故障現象：總離子流色譜圖緩慢下降
產生故障的可能原因及排除方法：
a. 吹掃閥被關閉，排除方法是打開吹掃閥；
b. 吹掃流速太低，排除方法是提高吹掃流速。
三.故障現象：色譜峰過寬
產生故障的可能原因及排除方法：
a. 進樣器的溫度太低，排除方法是提高進樣器的溫度；
b.柱子中的樣品過載，排除方法是分流進樣；
c.氣相色譜升溫太慢，排除方法是改變氣相色譜的升溫程序。