要保持泵的良好操作性能，必須持續保持系統的清潔，確保使用的溶劑和試劑的質量，流動相進入流路前必須進行過濾和脫氣。
預防泵故障需要持久不間斷的努力：
1、使用優質試劑和HPLC級溶劑，對泵對色譜柱都有好處；
2、流動相和溶劑在使用前使用優質材料過濾；
3、對流動相和溶劑進處理脫氣；
4、每次開始使用時要排氣放空，工作結束后從泵及色譜柱中洗去緩沖液或有害物；不讓水及腐蝕性溶劑等有害物質滯留泵及色譜柱中；
5、定期更換在線過濾圈等墊圈；
6、嚴格遵從泵操作手冊中的建議。
處于良好操作狀態的泵，應該能使色譜圖上的基線平穩；保留時間的重復性好。在等度洗脫時壓力波動小于2％。梯度洗脫時壓力變化應是緩慢和平穩的。
為了使故障發生后盡快排除，平時應常備密封、單向閥（入口與出口、、泵頭裝置、各式接頭、保險絲等部件，以及更換工具。