動脈導管未閉診斷確立后，如無禁忌證應擇機施行手術，中斷導管處血流。目前大多數動脈導管未閉的患者可用經心導管介入方法（使用Amplatzer蘑菇傘或彈簧圈封堵）得到根治。對于過于粗大、或早產兒的動脈導管未閉可考慮使用開胸縫扎的方法。
近年來，對早產兒因動脈導管未閉引起呼吸窘迫綜合征者，可先采用促導管閉合藥物治療，如效果不佳，可主張手術治療。
動脈導管閉合手術一般在學齡前施行為宜。如分流量較大、癥狀較嚴重，則應提早手術。年齡過大、發生肺動脈高壓后，手術危險性增大，且療效差。患細菌性動脈內膜炎時應暫緩手術；但若藥物控制感染不力，仍應爭取手術，術后繼續藥療，感染常很快得以控制。