1.全身治療
（1）甲硝唑（滅滴靈） 成人每天3次，兒童酌減。腸道滴蟲病療程3～5天。滴蟲性尿道炎、陰道炎、口腔炎用藥7～10天。孕婦、哺乳期婦女禁用。
（2）替硝唑
用于泌尿生殖道及口腔感染，首劑加倍，每天1次，用藥5～6天。
（3）曲古霉素么 每天3次，共用藥5～7天。
2.局部治療
（1）滴蟲性陰道炎 先用肥皂棉球擦洗陰道壁，并用0.02%高錳酸鉀溶液或溫開水沖洗陰道，再用1%乳酸或0.5%醋酸洗后擦干。
滴維凈、卡巴胂或甲硝唑，任選一種塞入陰道后穹隆或噴灑陰道內，每晚或隔夜一次，7～10天為1療程，可連用2～3個療程。
（2）口腔清潔 用鹽水漱口，保持口腔清潔衛生，睡前不進食甜味食品等。