對生殖細胞瘤主要治療手段為放療、化療和手術或聯合治療。
1.普通放療
凡經臨床確診為生殖細胞瘤有顱內種植或播散者，診斷性放療有效或活檢證實的生殖細胞瘤患者，采用放射治療是極其重要的。傳統的治療模式為單獨放療可使生殖細胞瘤患者中部分得到治愈。
2.立體定向放射治療
用伽瑪刀治療顱內生殖細胞瘤（體積小于2.65cm者）療效肯定，對周圍組織的損傷也較輕。
3.化學治療
化療的應用是為了增加對生殖細胞瘤的療效，防止大劑量放療造成對兒童和少年生長發育和學習的障礙。常用的化療藥物有卡鉑、順鉑、長春花堿、博來霉素以及VP-16等。
4.手術切除
手術治療不是生殖細胞瘤的常規選擇，對于在手術中腫瘤冰凍病理報告為生殖細胞瘤，則應停止切除腫瘤，術后放療或化療。