多數栓子來源于心臟，來自風濕性心臟病與慢性心房纖顫的左心房，急性心肌梗死后的左心室，或以往心肌梗死后形成的壁栓，心內膜炎，瓣膜疾病或瓣膜置換術后等，也可來自自行脫落的，或是經心血管導管手術操作引起的脫落。偶有原因不明者。腸系膜上動脈從腹主動脈呈銳角分出，本身幾乎與主動脈平行，與血流的主流方向一致，因而栓子易進入形成栓塞。急性腸系膜上動脈血栓形成幾乎都發生在其開口原有動脈硬化狹窄處，在某些誘因如充血性心力衰竭、心肌梗死、失水、心輸出量突然減少，或大手術后引起血容量減少等影響下產生。偶也可由夾層主動脈瘤，口服避孕藥，醫源性損傷而引起。
