腸系膜上靜脈血栓形成分為原發性和繼發性2種，前者原因不明，發病率占10%～20%，這些病人中有曾患過周圍靜脈炎如游走性靜脈炎等，后者常繼發于：
①肝硬化或肝外壓迫引起門靜脈充血和血液淤滯；
②腹腔內感染如化膿性闌尾炎，盆腔炎等；
③某些血液疾病如真性紅細胞增多癥，以及口服避孕藥等所致的高凝狀態；
④腹外傷或手術所致的創傷，病情嚴重，往往伴有休克；
⑤腹腔惡性腫瘤直接壓迫阻斷腸系膜靜脈血流；
⑥先天性凝血功能異常，如遺傳性抗凝血酶Ⅲ缺陷癥，遺傳性蛋白質C缺陷癥，遺傳性蛋白質S缺陷癥等，此種多見于年輕患者，既往有深靜脈血栓形成病史。