隨著醫學科學的飛速發展，感染性疾病的類型發生了很大的變化，且正在繼續發生改變，過去對人類生命產生巨大威脅的傳染病如天花、鼠疫、白喉、脊髓灰質炎、結核等疾病有的已被消滅，有的明顯減少，但在發展中國家仍對人類構成威協，這些疾病是由于外源性致病微生物侵犯了健康，但無相對免疫力的宿主所導致的感染。而現在的感染多由于內源性的“正常菌群”或者來自周圍環境中的“非致病菌”侵犯免疫力低下的宿主引起的感染，與過去的感染特點有了顯著的改變。同時由于抗生素問世、普及使用和新的抗菌藥物不斷發明與面世，細菌出于保護自己得以生存的天然本能，產生了大量的耐藥菌株或多重耐藥株，為臨床抗感染化療帶來了棘手的問題。
正確鑒別與區分病原菌或非病原菌，正確理解非致病菌變為條件致病菌的過程，許多毒力低、致病力弱或被認為無致病力的細菌在一定條件下轉變為致病菌這樣的新概念已成為臨床微生物學家，臨床微生物工作者必須掌握的知識和技能。
縱觀感染類型的變遷表現在：宿主的改變、感染病原菌的變化和感染性疾病的變化。
一、宿主的變遷
現代感染與以往感染相比，宿主已發生了重大變化。以往感染的宿主多為正常健康人群或年幼未免疫者；而現代感染所侵犯的宿主主要是有原始基礎疾病者(如糖尿病、老年慢性支氣管炎、肝硬化、前列腺肥大、腫瘤、血液病、中毒、酗酒者)；有誘發因素和免疫功能受損者(吸煙、溺水、疲勞、外傷、酒精中毒等)。
而醫源性因素為宿主改變的主要原因，腎上腺皮質激素或免疫抑制劑應用、長期大量使用抗生素、腫瘤的放射療法、化學療法、介入性診斷治療措施、各種切人性檢查和治療措施(如各種內鏡、器官移植術、手術、導管插入、靜脈注射、導尿、呼吸機應用等)，使宿主皮膚、黏膜屏障受損，免疫功能降低而成為感染好發人群。
二、感染菌的變遷
以往感染病原菌是以強毒株為主體，如天花病毒、脊髓灰質炎病毒、鼠疫耶爾森菌、霍亂弧菌、結核分枝桿菌、傷寒及副傷寒沙門菌、志賀菌、炭疽芽胞桿菌、破傷風芽胞桿菌等，以上這些病原微生物均是已被證實的致病菌。
現在的感染病原菌則以條件(機會)致病菌及過去被認為無致病性、弱致病性的細菌或人體正常菌群為主(大腸埃希菌及其他腸桿菌科細菌、銅綠假單胞菌、無芽胞厭氧菌、草綠色鏈球菌、凝固酶陰性葡萄球菌等)。
且近年來感染菌特別是醫院感染病原菌變遷的總趨勢為革蘭陰性桿菌的感染明顯增多，而革蘭陽性菌株中，以葡萄球菌屬所引起的感染占優勢。20世紀末以來，由于臨床上β-內酰胺類抗生素特別是第3代頭孢菌素的廣泛使用，革蘭陰性桿菌的耐藥現象日益嚴重，腸桿菌科細菌耐藥以產生超廣譜β-內酰胺酶(ESBLs)和AmpC酶為其主要耐藥機制。產ESBLs細菌主要以大腸埃希菌和肺炎克雷伯菌為主；產AmpC酶細菌則以陰溝腸桿菌發生率最高；非發酵菌中銅綠假單胞菌的耐藥機制尤其復雜，且產生了對碳青霉烯類抗生素耐藥的菌株；而葡萄球菌中出現了甲氧西林耐藥的葡萄球菌(MRS)，MRS為多重耐藥株且具有交叉耐藥性，引起了國際醫藥界人士的廣泛關注。特別是萬古霉素中介的葡萄球菌(VIS)導致的感染在全球已出現了幾例，由于無藥可治被稱為超級癌癥，這些新出現的耐藥菌株已向人類發出了挑戰。
三、感染性疾病的變遷
過去感染性疾病的特點是由已被定論的強毒株感染正常健康人，年幼及未免疫者，引起白喉、百日咳、結核、天花、脊髓灰質炎、麻疹、傷寒、痢疾等傳染病，具傳染性，病死率高。
現在感染性疾病的特點是由人體內籍正常菌群、條件(機會)致病菌定位轉移、或醫源性感染侵犯免疫力低下者，如老年人、嬰幼兒、有基礎疾病(血液病、腫瘤、糖尿病、慢性腎功能不全、肝硬化、慢性阻塞性肺病等)或中毒(乙醇中毒、藥物中毒、化學試劑中毒等)及其他誘發因素導致免疫功能受損者感染。
感染性疾病為各種條件致病菌引起的呼吸道感染、泌尿道感染、敗血癥、生殖道感染、皮膚軟組織感染、醫院感染等，現代感染大部分為無傳染性、病死率相對低。
四、現代感染與過去感染特征的比較
由于兩類感染均具有各自的特點，二者相比較(表3-1)（略）。
由于現代感染與過去感染已有了很大的變遷，因此臨床微生物學實驗室必須及時適應新的形勢，樹立新的理念，正確理解和掌握區分病原微生物和非病原微生物的界限，為臨床醫生發出正確的檢驗報告，以及時有效地治療現代感染性疾病。