人隱孢子蟲病的病情與宿主免疫功能有關。免疫功能正常時，主要表現為急性胃腸熒癥狀排帶黏液的水樣便，有的伴有明顯腹痛。此外，尚有惡心、嘔吐、低熱及厭食。水瀉1周即可恢復。
當免疫功能抑制時，則表現為慢性腹瀉，水瀉難以控制，病程可長達數月，并伴有嘔吐、上腹痙攣、體重減輕等兒童患者還表現為生長遲緩和發育不良。此類患者從類便持續排出大量卵囊。部分患者可表現為膽囊爽，出現上腹部疼痛。惡心、嘔吐，同時伴有嚴重腸炎。
值得注意的是，隱孢子蟲是艾滋病病人合并腸道感染的常見病原體，感染后常常危及患者生命。
