慈菇主要的品種有廣東白肉慈菇、沙菇。浙江海鹽沈蕩慈菇。江蘇寶應刮老烏和蘇州黃。廣西梧州慈菇。
1）刮老烏（又叫紫圓）
球莖圓形，高4－5厘米橫徑4－5.5厘米，單球重20－30克。生育期180天，頂芽粗壯向一邊彎曲，皮青色帶紫，肉白色，質較粗，畝產750－1000公斤。
2）蘇州黃（又叫白衣）
球莖卵形、高5－5.5厘米，橫徑3.5－4厘米，單球重15－25克，皮肉黃色，味似栗，質軟，品質好，畝產 750公斤。
3）沈蕩慈菇
球莖橢圓形，高5.5厘米，橫徑4厘米，單球重33.6克。皮肉均黃白色，鱗片棕褐色，含淀粉多，品質好，無苦味，質嫩軟。
4）白肉慈菇
球莖扁圓形，高3厘米，橫徑5厘米，節較密，皮肉色白，質堅實，單球重50－75克，品質優，高產畝產1000－1300公斤，耐貯運，生長期110－120天，抗逆控強。
5）沙菇
球莖卵圓形，高5厘米、橫徑4厘米、單球重50克，皮、肉皆黃白色，含淀粉多，無苦味，品質優，產量高。畝產1000－1200公斤。肉質較疏，不耐貯運。生長期110－120天。