慢性過敏性肺炎，患者反復接觸過敏原數月至數年，肺內形成彌漫性瘢痕，稱為肺纖維化。活動時呼吸困難，咳痰，疲倦和體重降低等可持續數月或數年，最后可發生呼吸衰竭。
診斷過敏性肺炎需要明確引起疾病的粉塵或其他物質，但較為困難。工作時接觸可不發病，而于數小時后在家中發病。確定工作環境為致病源的最佳標志為患者在工作日發病而周末或節假日正常。
根據胸部X線檢查的異常可以作出疑診。肺功能試驗（測定肺容積和通氣功能以及氧和二氧化碳的交換能力）有助于診斷過敏性肺炎。血中抗體檢測可確定可疑的抗原。當不能明確抗原和確定診斷時，應進行肺活檢（取小塊肺組織進行顯微鏡檢查）。組織的采集可通過支氣管鏡檢查（用一可窺視管道檢查氣道）、胸腔鏡檢查（用一可窺視管道檢查肺表面和胸膜腔），或剖胸術（一種開放胸腔的手術）。