大約90%的患者診斷時處于慢性期，慢性期診斷需除外非侵襲性疾病。在甲磺酸鹽（格列衛或STI-571）問世以前，患者在慢性期用小劑量化療無病存活期從數月到數年不等。如不治療，大多數患者將在3～8年內病情進展。進入加速期后，通常在3個月內進展到急變期。75%～80%的患者如不治療將會發展到急變期，急變期是ACML的惡性變，很難通過化療控制，短期會導致死亡。
ACML慢性期為單純費城染色體，發展到加速期或急變期時有新的異常染色體核型（如雙費城染色體，Y或8號染色體三體等）出現。ACML急變類型多數為急性髓系白血病，大約1/3為急性淋巴細胞變，免疫分型多為B-ALL，T-ALL極少見，急淋變患者的年齡較急性髓系白血病變的患者小。