科學家尚未就成體干細胞的鑒定標準達成一致，然而，經常被采用的鑒定方法包括：
1)利用分子標記在活體組織中對細胞進行標記，然后確定它們所產生的特定細胞類型。
2)將細胞從活體動物上分離出來，在對其進行細胞培養的過程中進行標記，之后將細胞移植入另一個動物體內，觀察該細胞是否可以再生其來源組織。
3)分離細胞，進行細胞培養，并對其分化進行控制，通常采用加入生長因子或向細胞內引入新基因的方法，進而觀察細胞的分化方向。
