1．超聲心動圖是主要的診斷方法。超聲心動圖可顯示房間隔中斷，右心房、室內徑增大，肺動脈增寬，三尖瓣活動幅度增大。多普勒彩色血流顯像可觀察到心房內左向右穿隔血流。與此同時，超聲心動圖可以對房間隔缺損進行準確分類，為治療方式的選擇制定提供參考意見。
2．X線檢查 胸X線片可顯示肺野充血，右心房、右心室擴大，肺動脈段隆凸，肺門影增大，肺血增多，主動脈結偏小。透視可見“肺門舞蹈”征象。
3．心電圖 房間隔缺損典型的心電圖表現為電軸右偏、不完全性右束支傳導阻滯，部分患者有右心房和右心室肥大。
4．心導管檢查 對于房間隔缺損經過上述無創檢查已能夠明確其解剖畸形和肺循環壓力等重要參數，一般不需要進行心導管檢查，只有當臨床上懷疑有其他合并心血管畸形或肺動脈高壓時為了了解肺循環阻力狀況，才有進行心導管檢查的指征。