（1）對卵巢巧克力囊腫破裂診斷明確，囊腫不是很大，一般情況比較好，或不愿意手術者，可以急診留觀，輸液，預防感染治療，根據病情是否可緩解，決定是否需要進一步手術治療。對癥狀重、生命體征不穩定者，則應確診后立即手術，因流出的囊液可引起盆腔粘連、不孕或異位內膜的再次播散和種植。
（2）年輕未生育者在徹底沖洗溢入盆腔內的囊液后，做囊腫剝除術，盡量保存正常卵巢組織，對維持卵巢功能和內分泌功能有幫助，對日后增加受孕機會也有幫助。
（3）雙側卵巢受累，原則上也盡量做囊腫剝除術，若囊腫與周圍組織粘連緊密，強行剝出易損傷臟器時，則可用無水酒精涂在囊腔內，使囊腔內上皮層壞死，以免日后復發。術后仍宜用藥物治療。
（4）對年齡較大且已有子女、對側卵巢正常、子宮無受累者，為避免日后復發，也可考慮作患側附件切除。
（5）卵巢巧克力囊腫破裂者手術時宜徹底清洗腹腔，盡量切除病灶，松解粘連，術后關腹前，腹腔內放入慶大霉素、地塞米松、玻璃酸酶（透明質酸酶）、生理鹽水，以防術后粘連。
（6）術后一般仍宜服用治療子宮內膜異位癥的藥物，以防止肉眼未能檢出的病灶或囊液污染腹腔引起新的播散和種植病灶的產生。