SPM的價格相對于電子顯微鏡等大型儀器來講是較低的。
任何事物都不是十全十美的一樣，SPM也有令人遺憾的地方。由于其工作原理是控制具有一定質量的探針進行掃描成像，因此掃描速度受到限制，測效率較其他顯微技術低；由于壓電效應在保證定位精度前提下運動范圍很小（目前難以突破100μm量級），而機械調節精度又無法與之銜接，故不能做到象電子顯微鏡的大范圍連續變焦，定位和尋找特征結構比較困難
