當STM在恒流狀態下工作時，突然縮短針尖與樣品的間距或在針尖與樣品的偏置電壓上加一脈沖，針尖下樣品表面微區中將會出現毫微米級的坑、丘等結構上的變化。針尖進行刻寫操作后一般并未損壞，仍可用它對表面原子進行成像，以實時檢驗刻寫結果的好壞。
移動針尖進行刻寫的辦法主要有兩種
①在反饋電路正常工作時，通過調節參考電流或偏置電壓的大小來調節針尖與樣品間的接觸電阻，達到控制針尖移動的目的。當加大參考電流或減小偏壓時為保證恒流工作，反饋將控制針尖移向樣品，從而減小接觸電阻。
②當STM處于隧道狀態時，固定反饋線路的輸出信號，關閉反饋，然后通過改變控制Z向運動的壓電陶瓷上所加電壓的大小來改變針尖與樣品的間距，這種方法較前者能夠更線性地控制隧道結寬度的變化，相對來說是較為理想的辦法。