耐藥性(resistance) 又稱抗藥性,是微生物對抗微生物藥物的相對抗性。微生物產生耐藥性是自然界的規律。生物進化論早就指出 “適者生存” 。即微生物耐藥性的產生,是耐藥基因長期進化的必然結果, 并非在抗微生物藥物問市之后才出現。大千世界，有矛就有盾, 有抗微生物藥物就一定有對抗微生物藥物的耐藥性存在。一種新耐藥菌株的出現, 也必然會有一種制服它的新藥產生。同樣,人類也是在與大自然不斷斗爭中求生存獲發展的。微生物產生耐藥性并非都是壞事, 如人體內正常菌叢,其產生的耐藥性在保護自身的同時,也能確保不易發生菌群失調, 不給真菌等條件致病菌以可乘之機。
微生物耐藥性的特點
耐藥性分為：固有耐藥性、獲得耐藥性、多重耐藥性以及交叉耐藥性。固有耐藥性也稱天然耐藥性（natural resistance）或內源性耐藥性（Intrinsic resistance）,它決定抗菌藥的抗菌譜。耐藥基因一是由染色體編碼介導, 即DNA或RNA突變所致，前者如喹諾酮類對大腸桿菌耐藥,;后者如利福平對結核桿菌耐藥。其特點是發生率較低(1/105~109) 。另一是由質粒(plasmid, 又稱R-質粒)介導, 特點是方式多(轉化、轉導、結合及易位) ,發生率高, 通常表現在產生失活酶或修飾酶而耐藥, 在抗生素年代以前就有質粒存在, 但很少攜帶耐藥基因, 自抗菌藥使用以來, 質粒己成為捕獲或傳播耐藥基因的最佳載體,。此外, 質粒中的許多耐藥決定簇曾源于其他菌種的染色體基因, 如質粒介導的SHV型β-內酰胺酶就是來自肺炎克雷白桿菌染色體。耐藥基因不僅可垂直傳給子代；更重要的是可在不同微生物的種屬間進行水平傳播，從而給臨床治療帶來重重困難。當前細菌耐藥形勢日趨嚴重,已成為全球關注的焦點。迄今為止,幾乎所有致病微生物和非致病(條件)微生物或多或少均有耐藥株, 其中典型的耐藥菌主要有：1961年的對b-內酰胺類抗生素耐藥的耐甲氧西林金葡菌（MRSA），1967年和1992年的對b-內酰胺類抗生素耐藥的耐青霉素肺炎球菌（PRSP），1986年的對糖肽類抗生素耐藥的耐糖肽腸球菌（GRE）和同年發現的對糖肽類抗生素耐藥的耐萬古霉素腸球菌（VRE），1990年對β-內酰胺類抗生素耐藥的b-內酰胺酶陰性耐氨芐西林流感嗜血桿菌（BLNAR），1991年的產金屬b-內酰胺酶的嗜麥芽窄食單胞菌、銅綠假單孢桿菌和沙雷菌（MBL），1992年的耐全部抗結核藥的耐多藥結核桿菌（MDR-TB），1997年的耐糖肽類抗生素的耐糖肽金葡菌（GISA），1998年的耐包括三代頭孢、單環類在內的大多數β-內酰胺類抗生素的超廣譜酶（ESBLs，40多種細菌可以產生）的革蘭陰性菌。2002年10月又發現耐萬古霉素的金葡菌（VRSA）。
獲得性耐藥性(acquired resistance) 是指以前敏感以后變為耐藥者, 即微生物接觸抗微生物藥物后, 由于遺傳基因的變化、生存代謝途徑的改變而產生的耐藥性。依據耐藥程度的不同, 獲得性耐藥性可分為相對耐藥性(又稱中間耐藥性)和絕對耐藥性(又稱高度耐藥性), 前者是在一定時間內MIC逐漸升高, 后者則是由于突變,即使高濃度亦無抗菌活性,如耐慶大霉素的銅綠假單胞菌。根據來源不同,又將獲得性耐藥性分為社會獲得性耐藥性和醫院獲得性耐藥性, 后者更多更難治療。常見醫院獲得性耐藥菌株為：MRSA和凝固酶陰性葡萄球菌、對萬古霉素敏感性降低的葡萄球菌、耐萬古霉素腸球菌（VRE）、多重耐藥菌有假單孢菌、克雷白桿菌屬以及腸桿菌屬；常見社會獲得性耐藥菌株有產b內酰胺酶的大腸桿菌屬、嗜血桿菌以及耐阿莫西林的卡他莫拉菌，耐藥肺炎球菌，多重耐藥結核桿菌、沙門菌屬、志賀菌屬、彎曲菌屬以及耐青霉素淋病奈瑟菌屬。臨床上,還根據抗微生物藥物發生耐藥性的可能性,分為高耐藥可能性藥物和低(或無)耐藥可能性藥物, 前者臨床應限制使用, 如氨芐西林、羧芐西林、慶大霉素、四環素、環丙沙星、頭孢他啶以及萬古霉素; 后者臨床可不限制或優先使用, 如哌拉西林、阿米卡星、多西環素、喹諾酮類(除環丙沙星外)、三代頭孢菌素、頭孢吡肟以及美羅培南等
多重耐藥性(multiple resistance, MDR) 系指同時對多種常用抗微生物藥物發生的耐藥性, 主要機制是外排膜泵基因突變, 其次是外膜滲透性的改變和產生超廣譜酶。最多見的是革蘭陽性菌的MDR-TB和MDR-MRSA, 以及常在ICU中出現的鮑曼不動桿菌和銅綠假單胞菌,僅對青霉烯類敏感; 嗜麥芽窄食單胞菌幾乎對復方新諾明以外的全部抗菌藥耐藥。MDR的出現決定了聯合用藥的必然; MDR菌株的高頻率出現, 意味著抗微生物藥物時代即將結束。
交叉耐藥性(cross resistance) 是指藥物間的耐藥性互相傳遞, 主要發生在結構相似的抗菌藥物之間。如目前大腸桿菌對喹諾酮類的交叉耐藥率巳超過60%。此外,有些抗菌藥在體外藥敏試驗呈耐藥, 但在體內仍具抗菌活性者, 稱為假性耐藥(pseudoresistance) 。
值得注意的是耐藥性的形成與用藥劑量大小、時間長短并非絕對相關, 如銅綠假單胞菌對頭孢吡肟和美羅培南迄今很少耐藥; 呋喃妥英己用50多年, 其敏感株仍末發現明顯耐藥。一般認為,一種藥物在臨床應用二年內就發生耐藥者, 繼續使用耐藥性可繼續存在或進一步發展;若二年內未發生耐藥者, 即使長期使用也不會發生耐藥現象。