病原微生物穿過體表屏障向機體內部入侵、擴散時，機體的吞噬細胞及體液中的抗微生物因子會發揮抗感染作用。人體內專職吞噬細胞分為兩類：一類是小吞噬細胞，主要是中性粒細胞，還有嗜酸性粒細胞；另一類是大吞噬細胞即單核吞噬細胞系統，包括末梢血液中的單核細胞和淋巴結、脾、肝、肺以及漿膜腔內的巨噬細胞、神經系統內的小膠質細胞等。
⒈吞噬過程 當病原體通過皮膚或粘膜侵入組織后，中性粒細胞先從毛細血管游出并集聚到病原菌侵入部位。其殺菌過程的主要步驟：①趨化與粘附。吞噬細胞在發揮其功能時，首先粘附于血管內皮細胞，并穿過細胞間隙到達血管外，由趨化因子的作用使其作定向運動，到達病原體所在部位。②調理與吞入。體液中的某些蛋白質覆蓋于細菌表面有利于細胞的吞噬，此稱為調理作用。具有調理作用的物質包括抗體IgG1、IgG2和補體C3。經調理的病原菌易被吞噬細胞吞噬進入吞噬體，隨后，與溶酶體融合形成吞噬溶酶體，溶酶體內的多種酶類起殺滅和消化細菌作用。③殺菌和消化。吞噬細胞的殺菌因素分氧化性殺菌和非氧化性殺菌兩類。
⒉吞噬作用的后果 ；病原菌被吞噬后經殺死、消化而排出者為完全吞噬。由于機體的免疫力和病原體種類及毒力不同，有些細菌雖被吞噬卻不被殺死，甚至在細胞內生長繁殖并隨吞噬細胞游走，擴散到全身稱為不完全吞噬。