抗核抗體的分類，由于核抗原不同，有多種不同的ANA 。 抗DNA抗體有抗雙鏈DNA（ds DNA）和抗單鏈(ss DNA)抗體之分。抗ds DNA抗體與SLE的關系密切，且隨疾病的活動度而升降，病情好轉者其滴度多下降甚或轉陰。抗ss DNA抗體則與抗ds DNA不同，可在多種疾病出現，包括一些非自身免疫性疾病，如細菌和病毒感染。故在臨床上無實用價值。而抗ds DNA抗體被認為是紅斑狼瘡（SLE）所特有。
抗DNA的自身抗體在SLE發病中起一定作用。在一些SLE患者，DNA大分子存在于循環中或粘附于多種器官的微血管結構，這些循環或器官原位抗原型DNA均可與循環自身抗體發生反應，形成免疫復合物，激活炎癥系統，在一些器官如腎臟，肺和腦組織引起免疫復合物介導的疾病，導致組織損傷。
抗可提取的核抗原（extractable nuclear antigen.ENA）抗體 此抗體原經鹽水或磷酸緩沖液處理，易從胞核中提取出來，且不含DNA。應用免疫熒光技術，抗ENA抗體型染色多呈斑點型。此類抗原分為九種，故產生九種相應抗體。
（1）抗核糖核蛋白抗體(antiribonucleoprotein；抗RNP抗體)：抗原來源與SM相同。它對去氧核糖核酸酶不敏感，但對核糖核酸酶，胰酶敏感。1972年把它作為診斷混合性結締組織病（MCTD）的重要血清學依據。但以后發現本抗體可在多種風濕性疾病出現，不具備對某個病的特異性，但有助于鑒別結締組織病和非結締組織病。抗核RNP抗體見于近32%的SLE患者，幾乎見于所有MCTD患者。
（2）抗SM抗體：SM系一患者Smith的簡稱。1966年Tan&Kunkel首先在患者Smith體中發現。抗原來源于小牛，兔胸腺，人脾等組織的一種酸性糖蛋白。抗SM抗體可見于1/3或以上的SLE患者，不出現于其他疾病中，對SLE診斷有特異性，成為很有價值的SLE診斷標志，但無此抗體不能排除診斷。
（3）抗SS-A抗體：系在發現Sjogren氏綜合征（SS）的A抗原后而命名，主要見于SS。本抗原可以從人、牛、豬脾中提取。它除存在核內外，也存在于細胞漿內。對胰酶敏感，對核糖核酸酶抵抗，能耐熱（56度）。
（4）抗Ha抗體：抗Ha抗體可與小牛胸腺可溶性核提取物(以及小牛和鼠的肝提取物)起反應。見于SS患者,亦稱之為SS-B抗體.應用沉淀素反應，補體結合以及熒光技術檢測。多數人認為13%SLE及33%SS患者有抗Ha沉淀性抗體。
（5）抗PM-1抗體：系多發性肌炎的特異性抗體。抗原系小牛胸腺核提取物，有人暫稱之為PM-1。最初有人應用補體結合抑制試驗，確定該抗體特性，在皮肌類患者中發現PM-1抗體。有人測定在多發性肌類患者陽性率13.6%，皮肌類（DM）20%，系統性硬化并肌炎25%，SLE并肌炎偶有陽性，在其他疾病和正常人均陰性。說明本抗體對肌炎診斷有一定特異性。
（6）抗MA1抗體：為發現抗核酸蛋白抗原的抗體，稱之為抗MA1抗體。該抗體只出現于某些嚴重的SLE患者中。
（7）抗Scl-70抗體：因出現在硬皮病且其分子量為70000，故名。抗原為堿性非組蛋白，北京協和醫院對系統性硬化用免疫雙擴散法測定得抗Scl-70抗體陽性率為60%。在其他結締組織和非結締組織病偶有陽性，而正常人均陰性，說明本抗體有較高的特異性，是系統性硬化的標記抗體。
（8）抗Jo-1抗體：因患者而命名。國外報道在多發性肌炎（PM）患者陽性率為30-50%，合并有肺間質纖維化的肌炎則達60%，而在皮肌炎（DM）患者則低于10%，在其他疾病均陰性。
（9）抗Ku抗體：因患者命名，國外報道本抗體多見于合并有肌炎的系統性硬化患者，陽性率達55%。
總之，抗PM-1，抗Jo-1，抗Ku都與肌炎有關。 抗核仁抗體是一組對核仁不同RNA成分的抗體。由于成分（4-6sRNA）不同，因此構成斑塊，斑點，均質等不同圖型。本核體在以HEP-2細胞為底物間接免疫熒光檢查為明顯。協和醫院免疫組的陽性率是PSS38.5%，SLE6.1%，RA15.3%，（陽性者都合并有指端硬化），SS8.6%，PM/DM10.0%，雷諾現象25%，其他結締組織病和正常人均陰性。抗核仁抗體不僅在PSS最多見，且滴度亦高，故它對PSS診斷有一定的幫助。
抗核抗體的檢測在自身免疫病的臨床診斷、鑒別診斷、評價療效和預后估計中具有較大的意義，因此常將抗核抗體的檢測作為自身免疫病的重要初篩試驗。