抗生素所致的變態反應、毒性作用可直接引起腸粘膜損害和腸上皮纖毛萎縮，引起細胞內酶（雙糖酶）的活性降低，從而導致吸收障礙性腹瀉；某些抗生素（如大環內酯類）是胃動素受體的激動劑，而胃動素為胃腸肽，可以刺激胃竇和十二指腸收縮，引起腸蠕動改變，導致腹瀉、腸痙攣和嘔吐。
嬰幼兒胃酸度低，免疫系統發育不完善，血清免疫球蛋白和胃腸分泌型IgA較低，補體水平低，對外界環境變化耐受力差，使用抗生素后容易發生AAD[3]。低胎齡、低體重、低日齡為導致住院新生兒發生AAD的危險因素[4]。此外，抗生素的種類、劑量、使用時間以及基礎病也是發生AAD的重要影響因素，免疫抑制、腸道損傷性檢查、外傷手術、鼻飼等也與AAD的發生有關。