人類發現并應用抗生素，是人類的一大革命。但隨著抗生素在臨床上的廣泛使用，很快便出現了耐藥性，不僅使抗生素的使用出現了危機，而且“超級耐藥菌”的出現使人類的健康又一次受到了嚴重的威脅。
醫學研究者指出，每年在全世界大約有50%的抗生素被濫用，而中國這一比例甚至接80%。在中國，印度和巴基斯坦等國，抗生素通常不需要處方就可以輕易買到，這在一定程度上導致了普通民眾濫用、誤用抗生素。而當地的醫生在治療病人時就不得不使用藥效更強的抗生素，這再度導致了病菌產生更強的抗藥性。正是由于藥物的濫用，使病菌迅速適應了抗生素的環境，各種“超級病菌”相繼誕生。
細菌對抗生素（包括抗菌藥物）的抗藥性主要有5種機制：使抗生素分解或失去活性，即：細菌產生一種或多種水解酶或鈍化酶來水解或修飾進入細菌內的抗生素使之失去生物活性；使抗菌藥物作用的靶點發生改變，即：由于細菌自身發生突變或細菌產生某種酶的修飾使抗生素的作用靶點（如核酸或核蛋白）的結構發生變化，使抗菌藥物無法發揮作用；細胞特性的改變，即：細菌細胞膜滲透性的改變或其它特性的改變使抗菌藥物無法進入細胞內；細菌產生藥泵將進入細胞的抗生素泵出細胞，即：細菌產生的一種主動運輸方式，將進入細胞內的藥物泵出至胞外；改變代謝途徑，如：如磺胺藥與對氨基苯甲酸（PABA），競爭二氫喋酸合成酶而產生抑菌作用。再如，金黃色葡萄球菌多次接觸磺胺藥后，其自身的PABA產量增加，可達原敏感菌產量的20 ~ 100倍，后者與磺胺藥競爭二氫喋酸合成酶，使磺胺藥的作用下降甚至消失。 [1]
此外，由于抗生素濫用造成的DNA污染也是促成“超級細菌”的另一主要因素。細菌耐藥基因的種類和數量增長速度之快，是無法用生物的隨機突變來解釋的。細菌不僅可以在同種內，而且可以在不同的物種之間交換基因，甚至能夠從已經死亡的同類散落的DNA中獲得基因。因而，耐藥基因在細菌間快速傳播，進一步的促使了“超級病菌”的產生。