天然抗菌肽通常是由30多個氨基酸殘基組成的堿性小分子多肽,水溶性好,分子量大約為4kDa。大部分抗菌肽具有熱穩定性,在100℃下加熱10~15min仍能保持其活性。多數抗菌肽的等電點大于7,表現出較強的陽離子特征。
氨基酸N端富含賴氨酸和精氨酸等陽離子型氨基酸,其C端富含丙氨酸、纈氨酸、甘氨酸等非極性氨基酸。
在許多特定位置都有一些較保守的氨基酸殘基,這些高度保守的氨基酸殘基是一些抗菌肽分子具有抗菌活性所不可缺少的,另外一些天然抗菌肽的C端往往是酰胺化的,這與抗菌肽的廣譜抗菌活性有關。
抗菌肽在一定條件下形成α-螺旋和β-折疊結構。
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