抗酸染色的基本原理：
分枝桿菌的植物細胞內帶有很多的脂類，包圍著在肽聚糖的外邊，因此分枝桿菌一般不容易上色，要歷經加溫和增加上色時間來促進其上色。但分枝桿菌中的分枝菌酸與染劑融合后，就難以被酸堿性脫色劑褪色，故稱抗酸染色。
齊-尼氏抗酸染色法是在加溫標準下使分枝菌酸與石炭酸復紅堅固融合成一氧化氮合酶，用鹽酸乙醇解決都不褪色。當再加偏堿美蘭復染后，分枝桿菌依然為鮮紅色，而別的病菌及情況中的物質為深藍色。
抗酸染色一般流程
1）初染
用裝片夾夾緊抗酸染色標本采集，滴加石炭酸復紅2-3滴，在火苗高空緩緩加溫，切忌燒開，出現蒸氣即臨時離去，若染色液揮發降低，應加上染色液，以防干枯，加溫3-5分鐘，待標本采集制冷后自來水清洗。
2）褪色
3%鹽酸乙醇褪色30秒~1分鐘；自來水清洗。
3）復染
用偏堿美蘭水溶液復染1分鐘，水清洗，用吸水海綿吸走后用食油鏡觀查。