一個理想的擔體的表面應該對組分和固定液都是惰性的，但硅藻土擔體由于在加工過程中加入了粘合劑或助熔劑，以及晶格的改變，使其表面含有相當數量的硅酸基團此外擔體表面的金屬氧化物形成酸堿活性作用點。使得擔體表面即有催化活性，又有吸附活性。特別是對化學性質活潑的樣品（如萜烯、二熔、含氮雜環化合物、氨基衍生物等等）都有可能發生化學反應和不可逆吸附。而極性組分，因其不僅溶解在固定液的液膜中，還會吸附在載體表面上，造成色譜峰的嚴重不對稱性。
針對不同的活性中心類型，可采取如下表面處理方法。
酸洗和堿洗
用濃鹽酸、氫氧化鉀醇溶液分別浸泡，以除去鐵等氧化物雜質及表面氧化鋁等酸性作用點。
硅烷化
用硅烷化試劑（如二甲基二氯硅烷、六甲基二烷等）與擔體表面的硅酸基反應，生成硅醚，以除去表面的氫鍵作用力，從而把極性表面變為非極性表面，達到惰化表面的目的。
擔體經硅烷化處理后，氫鍵作用力大為減弱，用于分析易形成氫氫鍵的組分如水、醇、胺等也能獲得良好的峰形。
釉化
擔體在某些溶液（如Na2CO3-K2CO3、硼砂等）中浸泡后經高溫處理，在擔體表面形成一層玻璃化的釉質層。這一釉質層屏蔽和惰化了表面的活性中心，并堵塞了表面的微孔，使孔隙結構趨于均一，故可增加柱效，減少峰的拖尾。經過釉化的擔體強度也得到加強。
非硅藻土類擔體有聚四氟乙烯擔體，玻璃微球，高分子多也微球等等。其中高分子多孔微球是一類新型合成有機固定相，既可直接用作氣相色譜固定相，又可作為擔體涂上固定液后使用。總之，這類擔體常用于特殊的分析，應用范圍不如硅藻土類擔體廣泛。