①有助于探索核酸的結構與功能。擬病毒是一種低分子質量的侵染性核酸分子，因而易于進行細致的化學組分和結構分析；通過擬病毒與類病毒的結構與功能的比較，對核酸的結構與功能可能會得到更深入的了解。
②有助于探索擬病毒與輔助病毒間的相互關系。擬病毒必須依靠輔助病毒的存在才能復制，而輔助病毒的復制卻不需要擬病毒的存在。擬病毒的存在可以影響輔助病毒的產量和改變輔助病毒在宿主上的癥狀及反應的程度。
③利用擬病毒這類低分子RNA來組建新的弱毒疫苗。它與普通類病毒的差異在于它的侵染對象不是高等植物或動物，而是小小的病毒。根據擬病毒的存在可影響輔助病毒的產量和改變輔助病毒在宿主上的癥狀和反應程度的原理，有可能用它來人工組建具有防病功能的弱化疫苗。
④對擬病毒的深入研究，也有助于進一步探索病毒的本質和生命起源等重大生物學理論問題。