有兩類指導蛋白質分揀的信號，需要將它們區分開來：
信號肽
其本質是一段在一級結構上連續的氨基酸序列，通常有15~60個氨基酸殘基，它們有的在N端，有的在C端，有的在多肽鏈的內部。還有的蛋白質不止一種信號序列。這類信號肽序列通常在蛋白質分揀完成以后被信號肽酶切除。引導蛋白質從細胞液進入內質網、高爾基體、胞外、細胞核、線粒體、葉綠體和過氧化物酶體的分揀信號屬于信號肽序列；
信號斑
存在于已折疊的蛋白質中，是蛋白質在完成折疊以后，在其表面形成的由來自不同區域的氨基酸序列組合在一起的三維分揀信號。例如，引導蛋白質定向運輸到溶酶體的就是信號斑，它是溶酶體酸性水解酶被高爾基體選擇性糖基化的標識。