指示生物的選擇方法主要有現場比較評比法、栽培（飼養）比較試驗法、人工熏氣法和浸蘸法等。
現場比較評比法
現場比較評比法是指對污染源影響范圍內的各類生物進行觀察記錄。如對于指示植物來說，需注意葉片上出現的傷害癥狀特征與受害面積，比較后評比出各自的抗性等級。
栽培（飼養）比較試驗法
將各種預備的指示生物進行栽培或飼養，然后放予監測區域內，觀察并記錄其生長發育狀況與受害反應。
人工熏氣法
將被篩選的生物放在人工控制條件的熏氣室內，通入所確定的單一或混合氣體與空氣的混合均勻后的氣體，按要求控制熏氣的時間，從而能較準確地掌握生物體的反應情況。
浸蘸法
浸蘸法適用于大量指示植物的選擇，人工配置化學溶液，浸蘸生物的組織或器官，可產生與熏氣相同的效果．具有簡便、省時和快速的優點。