由于包含體的特性，很難利用物理的方法去探測包含體中蛋白質肽鏈的結構。
Zetlmeissl等人利用圓二色的方法，發現聚集體的肽鏈保持了部分的二級結構。
利用Raman測定的方法也得出了相同的結論。
利用ATR-FTIR發現包含體蛋白質的結構比天然的蛋白質和鹽沉淀的蛋白質含有更多的非天然狀態的?折疊的結構。
Murry等人利用免疫學的方法測定色氨酸合成酶的亞基，蛋白質復性以后，出現三種形式的蛋白質：一種是不溶的高分子量的聚集體，一種是可溶的復性完全的蛋白質，一種是可溶的低分子量的聚集體，最后一種聚集體同天然的蛋白質一樣有免疫活性，可以與兩種單克隆抗體結合，但是天然蛋白質的另外三種抗體不與它結合，說明了即使沒有復性，聚集體仍保持了部分的近似天然的結構狀態。