1.直接鏡檢
在臨床標本中可見寬大的、絕大多數無隔膜、薄壁的菌絲，常呈灶性球根部膨脹和不規則的分支。刮片、痰和分染色觀察。從壞死組織，痰或支氣管肺泡沖洗液的臨床標本中直接鏡檢發現毛霉較培養分離更有意義。鏡下本菌與其他真菌，如曲霉屬很容易區別。
2.真菌培養
毛霉目對營養沒有特別要求，可在不含放線菌酮的常規真菌培養基上生長。
3.組織病理
毛霉目感染的組織病理無明顯特異性，常有水腫和中性粒細胞浸潤，罕見強炎癥反應。
