（一）實驗室檢查
1.常規檢查
（1）血常規外周血象白細胞和中性粒細胞計數增高。
（2）痰液涂片革蘭染色發現大量革蘭陰性桿菌。
（3）血氣分析重癥患者PaO2可降低。部分患者特別是原有慢阻肺病者PaCO2可升高，并可有不同程度的酸堿失衡。
（4）血液生化檢查在敗血癥時如有肝、腎受損，可出現轉氨酶、BUN（血尿素氮、Cr（血清肌酐）升高。
2.病原學檢查
（1）血培養在摩根菌肺炎伴有菌血癥或敗血癥時，血培養有摩根菌生長。一般血源性摩根菌肺炎血培養陽性率高。但近年來發現摩根菌在應用抗生素后也有L-型細菌改變，常規血培養為陰性。應引起注意。
（2）痰液培養此法簡單、方便，患者易接受。但易受咽部細菌污染。一般認為要留取患者肺深部咳出的痰，并先進行清洗和勻化定量檢查，然后再培養，可大大提高準確性。
（3）直接采集下呼吸道分泌物培養此法有一定創傷性，且需要一定條件，但對摩根摩根菌肺炎，特別是醫院獲得性肺炎的診斷有幫助。因避免或減少了上呼吸道細菌污染，較準確。
（4）其他體液培養，中段尿細菌培養，骨髓細菌培養，胸水、尿、骨髓或傷口分泌物培養。摩根菌肺炎，經上述不同方法的病原體培養，可發現摩根菌。對于混合感染者，特別是繼發性肺炎者，還可培養出其他革蘭陽性或陰性菌。同時對培養陽性者應做藥敏試驗，為治療提供依據。
（二）其他輔助檢查
胸部X線顯示肺葉、段致密陰影、實變，可形成多發性肺膿腫。部分患者表現為支氣管肺炎癥狀。一般胸腔積液較少發生。