操縱子包含一個或以上的結構基因，這個結構基因會被轉錄成為一個多基因性的mRNA。一個單一的mRNA分子會為多于一個蛋白質編碼。在結構基因上游的是啟動子序列，能給核糖核酸聚合酶（RNA聚合酶）提供結合位點及引發轉錄。在啟動子附近的是一組DNA稱為操縱基因。操縱子亦會包含調控基因，如阻遏基因能為調控蛋白質編碼，使之與操縱基因結合及阻止轉錄。調控基因未必是操縱子的一部份，但是位于基因組的某一處。阻遏基因會到達操縱基因阻礙結構基因的轉錄。 原核生物的一個轉錄區段可視為一個轉錄單位，也稱作操縱子。
