RIA雖然有很多優點，但也存在不少缺點。
例如：①試劑的半衰期段，費用較高，需要用閃爍計數儀等專門的設備；②放射性核素對人體存在著一定潛在的危害性；③試驗廢物處理困難；④放射性核素標記有時會改變某些生物物質的生理活性。
