穩定同位素和放射性同位素均可用來示蹤，但在實際應用中，穩定同位素具有放射性同位素無法比擬的優越性：
（1）安全、無輻射，穩定同位素對動植物不會造成傷害，在使用、運輸和儲存的過程中比較方便；
（2）半衰期長，放射性同位素因其半衰期太短而沒有實用性，限制了其應用，而穩定同位素的半衰期均大于1×1015年，因而不受研究時間的限制；
（3）可同時測定，放射性同位素一次只能測定一種同位素，而穩定同位素允許對不同質量數進行同時測定，因此可以對同一元素的不同同位素或不同元素的同位素進行同時測定，從而提高實驗效率；
（4）物理性質穩定，穩定同位素的信號值不會隨時間而衰減。
然而，穩定同位素的測定對儀器設備要求比較高，尤其是同時標記多種元素時，則需要超高分辨率的質譜進行測定，必要時還需要進行衍生化。此外，由于可作為示蹤劑的穩定同位素種類較少、價格也比較貴，故其應用范圍受到了一定的限制，需要更全面和深入的探究。
同位素13C,15N雙標記-氨基脲鹽酸鹽
C-13同位素標記17β-雌二醇([3,4-13C]-17β-E2)
13C-全標記乙酸鈉
13C-標記17芳香雌二醇([3,4-13C]-17β-E2)
同位素13C標記水楊酸
同位素^13C標記小麥植株
同位素13C/D標記對甲氧基苯甲酸
D-13C6-甘露糖
13C同位素標記硫酸鹽木素
13C同位素標記果膠-木素復合物
13C同位素標記木質素與木聚糖復合物
（13)C標記甘氨膽酸
同位素(13)C標記富勒醇納米顆粒
13C和15N穩定同位素雙標記
同位素標記合成吉西他濱-13C
苯甲酸-13C同位素標記
雙標記13C,15N3-呋喃妥因
N,N-二異丙基-[(1-13C)乙基]胺化合物
α-13C標記β-O-4型木素模型化合物
愈創木基丙三醇-β-愈創木基醚-[α-13C]
13C,14C同位素標記17-E2,17-E2，E1
13C,14C同位素標記雌酮(E1)
13C,14C同位素標記17β-雌二醇(17-E2)
13C,14C同位素標記17-雌二醇(17β-E2)
13C,14C同位素標記天然固醇類雌激素
穩定性同位素碳13全標記L型亮氨酸
同位素標記原兒茶酸-(13COOH)
13C標記脂肪酸的同位素
3C穩定性同位素標記1,6-縮水-β-D-吡喃葡萄糖
13C內醚糖/13C葡萄糖
13C標記磷脂脂肪酸
DNA-穩定同位素探針標記
同位素標記物D3-左氧氟沙星
穩定同位素標記雙酚F-D8
氘代沃拉帕沙
穩定同位素標記磷脂
穩定同位素標記氯丙那林-D6
同位素標記常咯啉
穩定同位素標記D5-氯氰菊酯
穩定同位素D標記甜蜜素
同位素氘標記2-甲基-4-異噻唑-3-酮
同位素標記鄰苯二甲酸
氘標記苯乙醇胺類β受體激動劑
氘代乙琥胺d5
氘標記川芎嗪
氘代維生素D類似物
同位素氘代標記吡羅昔康-d3
苯基羥乙酸酯氘標記化合物
同位素標記的西布特羅-D9/馬布特羅-D9
氘標記夫沙那韋鈣鹽
同位素標記全氘代鄰二甲苯
同位素標記15N-N,N-二甲基苯胺
同位素標記3,5-二硝基水楊酸肼-15N2
15N同位素標記尿素
15N同位素標記L-精氨酸
同位素標記滅蠅胺-氨基-15N2
15N穩定同位素標記集胞藻
蛋白質酰胺側鏈15N同位素標記
同位素標記15N-L-谷氨酰胺
15N標記-L-賴氨酸鹽酸鹽
同位素標記15N-L-天冬氨酸
同位素標記15N-L-蛋氨酸
同位素15N標記水合肼
同位素15N標記2-甲基-5-硝基咪唑
同位素15N標記L-天冬酰胺
同位素15N標記L-半胱氨酸
同位素標記(15)N-N,N-二甲基苯胺
同位素15N標記螺旋藻
同位素15N標記八肽擬生長因子
同位素15NN標記L-纈氨酸
1-18O穩定性同位素標記葡萄糖
18O穩定同位素標記磷酸化蛋白質
15N標記鄰位芳香羥肟配位體
同位素15N標記三肽
15N穩定同位素標記副溶血弧菌
同位素15N標記氧化亞氮
16O/18O標記糖肽
糖苷內切酶催化同位素標記n-糖鏈