加強項目管理，保證項目水平，提高經費使用效益，教育部日前對2003年印發的《教育部科學技術研究項目管理辦法》作了修訂，重點增加了財務管理和網絡管理等內容。
新修訂的管理辦法規定，教育部科學技術研究項目通過教育部科技管理平臺實行網上申報。項目申請接受廣大科技工作者的監督，申報截止后，申請者的基本信息將在教育部科技司網站上公示。如發現弄虛作假行為，即取消項目申請者的申報資格并予以通報。評審后確定的擬資助項目名單將在教育部科技司網站公示，公示期為10天。
關于財務管理，新管理辦法規定，教育部科學技術研究項目資助經費按年度撥至項目負責人所在學校，專款專用。教育部科學技術研究項目資助經費由項目承擔學校負責管理，經費管理和使用必須嚴格執行《教育部財政部關于進一步加強高校科研經費管理的若干意見》以及國家有關財經和科研項目管理的法律法規及政策，任何部門和單位不得截留、擠占或挪用科研經費。凡使用教育部科學技術研究項目經費購置的資產，均屬國有資產，應納入學校資產統一管理，合理使用，認真維護。教育部科學技術研究項目資助經費不得用于繳納各種罰款、還貸、捐贈贊助、對外投資等支出，也不得用于彌補與項目無關的日常公用經費開支以及國家規定不得列入的其他支出。
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