數字PCR技術因起高精密度、耐受能力強、高靈敏度等優點,逐漸被用于病毒載量分析的相關研究。如HIV抗逆轉錄病毒治療過程中病毒殘留量的監控;HBV耐藥突變的檢測;HCV的分子分型;抗甲氧西林金黃色葡萄球菌的院內感染監控;環境微生物不同功能基因之間的連鎖分析等等。