圖 9. 三步完成 DIA 方法編輯
典型 DIA 數據如圖 10 所示，從色譜圖上看 DIA 數據與傳統 Shotgun 數據沒有明顯區別，只是每個循環的二級譜圖數量固定，因此掃描點分布均勻。
圖 10. 典型的 DIA 數據
圖 11. 四步完成 msxDIA 方法編輯
2. msxDIA
Orbitrap 具有的獨一無二的 msxDIA 方法設置同樣簡單易用，只多一步隨機 Inclusion list 生成（圖 11）： (1) 在模板中將 DIA 模塊拖入方法流程（若加入一級掃描，則在 DIA 模塊前拖入 Full Mass 模塊）；(2) 以 2 x 10 m/z 為例，DIA 模塊中的 MSX count 設為 2，窗口寬度設為 10 m/z ，即完成 2 x 10 m/z 模式參數設置；(3) 使用 Skyline 軟件生成隨機的 Inclusion list 表；(4) 將隨機 Inclusion list 表導入方法的 Inclusion list 中，完成方法設置，即刻可以開始 msxDIA 數據采集。
典型 msxDIA 二級質譜圖如圖 12 所示，每張譜圖包含 2 個（2 x 10 m/z 模式）或 5 個（5 x 4 m/z 模式）窗口的碎片信息，即一次掃描采集 2 個或 5 個窗口，分析效率顯著提高，選擇性也因窗口縮小而明顯改善。
圖 12. 典型的 msxDIA 二級質譜圖
六、數據分析
DIA/SWATH 數據復雜、信息量龐大，因此，高效、可靠的數據解析和信息挖掘是 DIA/SWATH 分析的瓶頸。