數碼顯微鏡最顯著的優勢在于儀器的人機工程學設計。由于監控器會直接顯示樣品圖像，用戶可以在保持舒適、放松的直立坐姿的同時，還能即時觀察樣品，并利用軟件分析樣品圖像，保證用戶能以舒適的姿態高效地完成工作。在需要處理高通量樣品，或每天需要在顯微鏡上花費較長時間的情況下，數碼顯微鏡的人機工程學設計就顯得意義非凡了。此外，很多數碼顯微鏡還提供允許存儲多個用戶配置文件的軟件。在多人共用一臺顯微鏡時，這項功能非常有用，憑借這項功能，每個用戶只需選擇自己的顯微鏡配置文件，幾乎無需調節顯微鏡工作臺，即可輕松開始工作。